恩戈罗恩戈罗不仅是大型野生动物的天堂，而且也是大量鸟类生活、繁殖、越冬或长途迁徙中停留的重要地区。全年在此栖居的有鸵鸟、鸨、暗棕鵟、黑雕和白兀鹫等。
在湿季，许多欧洲候鸟如白鹳、黄鶺鴒和燕等为逃避北方寒冷的冬天来此避寒。像大、小火烈鸟等不太有规律的客人也到这里的各个苏打湖上取食，尤其在其较固定的栖息地十分干旱或蓝绿藻开花衰败之时。这种情况只有当藻类数量过多，以致于事实上它们被自己产生的毒素毒害之时偶有发生。
恩戈罗恩戈罗保护区是辽阔的，占地面积6475平方公里，其重要性因它是世界遗产地和生物圈保护区而得以加强。先前整个地区是现今赛伦盖蒂国家公园的一部分，但作为一个保护区它有着双重目的，一是保护该区的自然资源，二是保护土生土长的马沙依部落的利益和传统生活方式，他们至今还在这里照料牛群和羊群。
保护区的中心部分是恩戈罗恩戈罗火山口或破火山口，它是这一地区许多死火山的一个遗址。恩戈罗恩戈罗破火山口之一，而且也是世界上最大的破火山口之一。据测，宽度为14．5公里，深度从610米到762米，占地总面积为264平方公里。
保护区内生境的多样性，使其成为一个十分重要的地方。区内有林地、沼泽、湖泊、河流以及广阔的草地或萨王纳，萨王纳是赛伦盖蒂生态系统的一部分，此生态系统有一部分延伸至肯尼亚，包括毗连的马沙依·马拉自然保护区。萨王纳草地供养着丰富多样的食草动物，尤其在干季时，这里有足够的食物供给200多万头不同大小的食草动物。
该区的动物的名录看上去就像一份非洲野生动物的目录，有角马、斑马、瞪羚、水牛、非洲旋角大羚羊和疣猪，还有长颈鹿、大象和黑犀牛。这些动物大部分漫游于辽阔的塞伦盖蒂，河马等另一些动物局限在湖泊和沼泽地区。哪里有这样多的猎物，哪里就有食肉动物, 恩戈罗恩戈罗保护区供养着大量的狮子、斑鬣狗、豺、猎豹、豹和薮猫。
动物数量众多可能给该区带来很大的压力，然而事实上在这样复杂的情况下，它虽受自然的冲击却仍能完美地显示复杂的平衡，每种食草动物都确立了在与其他动物相互依存的关系中所处的特殊地位和等级。因此，斑马吃植物的粗硬部分，而将多汁的部分留给羚羊。角马咀嚼下来的草皮残渣激发了新芽的生长，这对以此为生的瞪羚极为重要。要是没有这种食草的压力，许多萨王纳地区会回复成林地。
尽管许多濒危的大型野生动物种类已得到国家保留地和其他保护区日益加强的保护，但偷猎仍在继续。整个非洲大陆上大象的处境很糟糕，估计每年有5万头被杀，累计减少总量已达40至60万头。黑犀牛已从许多地方消失，现已处在绝种的边缘。因为一只犀牛角价值3万美元之多，因此不管有多大的风险，捕杀仍在继续。有这样高的回报，也许对黑犀牛的数量从1976年的5万头急降到1990年的3500头就不会惊讶了。现已采取了许多非常措施以拯救这种健壮的动物。对某些地区实施反偷猎巡逻保护，一旦发现偷猎者，其将被射死。为了不顾一切拯救最后的黑犀牛，为了不让偷猎者达到目的和改变其射杀黑犀牛的企图，自然资源保护生义者宁可截去黑犀牛的角。