清微派以传习“清微雷法”而得名，假托其法出自清微天元始天尊。据《清微仙谱》称，该派创始人为广西永州人祖舒，南宋理宗时传至九代南毕道。实际上清微派是从南毕道、黄舜申师徒传授清微雷法开始兴盛起来的。南毕道，（1196——？）四川眉山人，宋理宗时任广西宪司。其幕僚黄某之子黄舜申得疾，南毕道治愈之，并悉以清微雷法受黄舜申。黄舜申（1224——？）遂成为清微派第十代祖师。宝佑中（1253——1258年），黄曾出任检阅，以擅雷法闻名京师。宋理宗召见，赐号“雷囦真人”。元世祖至元丙戌（1286年），黄又应诏赴阙，未几乞还乡里，隐于紫霞湖沧州之上。元室赐号为“雷渊广福普化真人”。黄舜申是清微道法的集大成者，门徒颇多。清微派的道法书现存主要有《清微斋法》、《清微元降大法》、《清微神烈秘法》等，另外《道法会元》中也保存有不少清微雷法著作。
净明道是南宋初年，西山道士何真公创立，是由灵宝派演化出来的一个分支。它尊奉许逊为祖师，称其法箓出于许逊之传。何真公所创之净明道，除传行一种称为“净明法”的符箓外，还重心性和内丹的修炼，特别是在其教义中力主以忠孝为本。何真公后嗣无人，其所创的教派后来被玉真子刘玉新建的净明道延续下来。刘玉（1257——1308年），字颐真，号玉真子。原籍鄱阳石门（今属江西），后迁至南昌建康。弱冠而孤，志存方外。至元二十九年（1292年），刘玉声称净明法师胡惠下降，告之“净明大教将兴，当出八百弟子，汝为之师”，并说元贞二年（1296年）腊月，许真君当降其家。于是，许多信徒投奔在刘玉门下。此后，刘玉便在西山一带开展传教活动，并陆续建立了一些坛、靖等宗教活动据点，使湮没百年的净明道再次兴盛起来。刘玉新建的净明道实际上是何真公净明道的延续何发展。刘玉羽化前以教事传付弟子黄元吉。黄元吉（1270——1324年），字希文，人称中黄先生，豫章丰城（今属江西）人。年十二，入西山玉隆万寿宫为道士。后从刘玉，得旌阳许真君忠孝之教。为人刚介，治众甚严。晚年以其教游说京师。泰定元年（1324年）十二月，羽化于京中崇真万寿宫。其弟子著名的有陈天和、徐慧、刘真传、熊玄晖、刘思复、黄通理等。继黄元吉掌教的净明宗师为徐慧（1291——1350年），一名徐异，号丹扃道人。他编辑净明道诸位祖师传记、神降法语及刘玉、黄元吉语录，著成《净明忠孝全书》六卷。徐慧之后，净明道传承法嗣不明。元以后一说合并于正一道，一说归于全真道。