儒学发展到明代之王阳明，又进入了一个新的阶段，或者说进入一种新的境界。王学的一个最突出的特点，就是把“心”、“性”、“理”乃至天地万物融为一体，而此“体”，用王阳明的话说，即是“良知”。“良知”即本体之异名，这是王阳明在其著述中他屡屡语及的，诸如“良知者，心之本体”（《答陆静原书》）、“这心之本体，原只是个理”（《传习录》上）、“良知即未发之中，即是廓然大公，寂然不动之本体。”（《传习录》中）等等。王阳明在这里所说的“本体”，与现代哲学所说的“本体”含义是很接近的，区别仅在于，王学中的“本体”不但是宇宙万物之本源，而且是人伦道德之本根。王学之深刻、细密，在相当程度上即是植根于他的本体理论。
　　如果说宋明新儒学的政治、伦理学说的哲学基础主要是一种“本体论”的思维模式，或者至少可以说是带有浓厚的“本体论”的倾向，那么，现在的问题是，这种“本体论”的思维模式是如何形成的？……如果一言以蔽之，此种本体论思维模式在相当程度上是受隋唐佛教理论影响的结果。正如前面所说，佛教注重抽象本体。这种抽象的本体理论在佛教初传时，由于与中国传统的思维方法及所用术语等方面的差异，较难为中国古代的文人学者直接接受。到了隋唐，受中国传统思想文化的影响，东传之佛教在思想内容及所用术语上都有了较大的变化，其中以中国传统的“人性”、“心性”去谈佛性最为突出。但是，佛教谈论“人性”、“心性”时，并没有放弃其原有的思维模式，即其固有的本体论方法，而是用本体论的方法来谈“人性”、“心性”，这就出现了一种现象，即隋唐佛教的佛性理论变成了一种“人性”理论，或者“心性”理论，但这种“人性”、“心性”又与中国传统的“人性”、“心性”不同，而是一种本体化了的“人性”和“心性”；加之，隋唐时期，特别是李唐一代，在思想文化上采取一种开放的政策，对儒、释、道三教采取兼收并蓄的态度，这为各种思想文化系统之间的相互交融、相互吸收创造了十分有利的条件。此时之佛教并不以吸收儒家或道教的思想为耻，而儒家虽然没有放松对于佛道二教的攻击，但暗地里甚至公开吸取了佛教的许多思想，而儒家之援佛入儒之最根本、最主要但又为常人最不易察觉者，则是自觉不自觉地吸收佛教的本体论思维模式，这种不断溶摄佛教本体思维模式的结果，终于使作为三教合一产物的宋明新儒学一改传统儒家“天人合一”论，而易之以本体论的思维模式。